Pırıl: Sayıların Gizemi, sayıların yok olmasını engellemek için zorlu bir maceraya atılan Pırıl ve arkadaşlarının hikayesini konu ediyor. Gökyüzünde eşi benzeri görülmeyen bir bulutun ortaya çıkmasından sonra sayılar sırasıyla yok olur. Çocukluk zamanlarında yaşadığı travmaların intikamını almak isteyen İlhan, Biliş ile birlikte sayıları yok etmektedir. Sayıların silinmesi hayatı etkiler ve gündelik yaşam durma noktasına gelir. Sorunu çözmek için bir araya gelen Pırıl ve arkadaşları, kendilerini zorlu bir maceranın içerisinde bulurlar.